1990년대 후반은 마곳 키더에게 떠올리기 싫은 시간일 것이다. 자서전을 준비하면서 그는 점점 정신쇠약에 빠져들었고, 예전부터 그를 괴롭혔던 조울증이 재발했다. 전 남편이 자신을 살해하려 한다는 과대망상에 빠져 집을 나서 행방불명됐다가 사흘 후, 전혀 관계없는 한 가정집 뜰에서 노숙자 같은 모습으로 발견돼 대중들에게 충격을 안기기도 했다.
재활 치료를 받은 마곳 키더는 정신 질환에 대한 캠페인을 진행하면서 <버자이너 모놀로그>로 연극 무대에 복귀하고 영화 촬영에도 임하는 등 다시 배우 활동을 시작했다. 슈퍼맨 관련 드라마 <스몰빌>에도 출연하는 등 여전히 로이스 레인에 대한 애정을 드러냈던 그는 세상을 떠나기 전까지 총 135편의 영화, TV 드라마 등에 출연한 열정적인 배우였다.