세 번째 시즌이 어떤 이야기를 다룰지 살피기 전에 지난 두 시즌을 되돌아보자. 오티스(에이사 버터필드)의 엄마 진 박사(질리언 앤더슨)는 성 상담사다. 그 덕에 오티스는 경험은 전무하지만 이론에는 빠삭하다. 그의 재능을 알아본 동급생 메이브(엠마 맥키)는 그에게 상담소를 열자고 제안하고. 둘은 각각 예약・수금 담당, 상담사를 맡아, 성과 관련한 고민을 해결해주는 유료 비밀 상담소를 운영하기 시작한다. <오티스의 비밀 상담소>는 남 일 같지 않은 무어데일 고등학교 학생들의 고민과 이들의 요란스러운 성장기를 그린다.
※ 시즌 2 스포일러 시즌 2의 끝에서 진은 야콥(미카엘 페르스브란트)의 아이를 가졌다는 것을 깨닫고, 오티스는 메이브에게 고백이 담긴 음성 메시지를 남긴다. 애덤(코너 스윈들스)은 전교생이 보는 앞에서 에릭(슈티 가트와)을 향한 솔직한 감정을 마침내 털어놓고, 올라(파트리샤 앨리슨)와 릴리(타냐 레이놀즈) 커플로 거듭난다. 메이브는 동생을 지키기 위해 마약 중독에서 벗어나지 못하는 엄마를 사회복지국에 신고하고, 에이미(에이미 루 우드)는 성추행 트라우마를 극복하기 위해 용기를 낸다. 수영을 그만둔 잭슨(키다 윌리엄스-스털링)은 연극 무대에 성공적으로 데뷔하고, 그로프 교장 선생(앨리스테어 페트리)은 무어데일에서 쫓겨난다.